Вы можете переименовать переменные в самом цикле for
for (i in 1:length(temp)) {assign(sub(".txt$", "", temp[i]), read.delim(temp[i]))}
Или, если вы уже импортировали переменные, измените их имена позже
vals <- ls(pattern = ".txt$")
for (i in vals) { assign(sub(".txt$", "", i), get(i)) }
и затем очистить старые имена
rm(list = vals)
На заметку, использование assign считается плохим. Читайте его потенциальные опасности и побочные эффекты здесь .