Вот мое предложение, надеясь, что оно поможет вам решить проблему.
$sql = "DELETE FROM log l LEFT JOIN user u ON l.`email`= u.`email`
WHERE l.`code_aktivasi`='code_aktivasi' and `create_at` < (NOW() - INTERVAL 5 MINUTE)";
$run = mysql_query($sql);
Вы можете использовать l.create_at
или u.create_at
для соответствия вашей цели.
Если это все еще не работает, пожалуйста, покажите мне сообщение об ошибке.