Теперь я хочу знать, является ли плохой практикой использование только __autoload для загрузки соответствующих классов на динамический сайт?
Совсем нет. Вы можете положиться на автозагрузку, все, что вам нужно сделать, это разработать хорошее соглашение об именах и реализовать эффективный автозагрузчик.
Есть одна важная проблема для рассмотрения. Автозагрузка и Zend Guard не очень хорошо сочетаются друг с другом, потому что Zend Guard имеет тенденцию переименовывать вещи, что будет означать, что соглашение об именах, которое вы решили использовать, скорее всего, будет не таким. Если вы будете использовать Zend Guard (или любой другой обфускатор в этом отношении), вам, скорее всего, придется включать все файлы вручную.
Вот цитата из руководства пользователя Zend Guard:
Автозагрузка классов не будет работать, так как имя файла на диске не будет
совпадать с запутанным именем класса.