Ваша проблема не воспроизводима. Обращаться к колонке по ее имени - вполне законно. Пожалуйста, смотрите код ниже.
#data simulation
set.seed(123)
dados <- data.frame(Churn = sample(c("False.", "True."), 5000, replace = TRUE))
summary(dados)
# Churn
# False.:2521
# True. :2479
head(dados$Churn)
# [1] False. True. False. True. True. False.
# Levels: False. True.
# subsetting
head(dados['Churn'] == 'False.')
# Churn
# [1,] TRUE
# [2,] FALSE
# [3,] TRUE
# [4,] FALSE
# [5,] FALSE
# [6,] TRUE