Ваши значения выглядят как «нормальное» отклонение АЦП. В зависимости от того, какой у вас элемент регулирования температуры (TEC, PT, Fan, ...) и нагрузки, я бы предложил запускать алгоритм PID каждые 100 м (в качестве первой попытки). Если ваша система действительно медленная, вы можете использовать событие длиннее Kt.
Поскольку температуры (или изменения температуры) в основном линейные, вы можете использовать скользящее среднее, чтобы устранить некоторый шум на входе.
В хорошо спроектированном оборудовании обогреватель или вентилятор не должны влиять на ваши измерения. При плохой конструкции усреднение устранит большую часть шума из вашего сигнала (если он не слишком большой)