Я не совсем уверен насчет # 2 (что произойдет, если SQLite внесет изменения в файл, пока программа FTP его читает?), Но кроме этого, нет причин предпочитать одну БД другой (если только из этих БД просто не может делать то, что тебе нужно).
[РЕДАКТИРОВАТЬ] Используйте онлайн-резервную копию , чтобы создать файл для загрузки по FTP. Это позволит убедиться, что содержимое файла не повреждено.
Еще лучше, добавьте страницу (с паролем) на свой сайт, которая создает файл одним нажатием кнопки, чтобы ваш браузер мог загрузить его.