Справочное руководство - это просто набор справочных страниц. Они должны быть написаны как справочные материалы, что, вероятно, не первое место, где пользователь должен искать документацию, если вы это подразумеваете под «первичной документацией».
Первое, на что должны обратить внимание пользователи, это виньетка, в которой представлен обзор пакета. Он может отображаться в формате HTML или PDF (выбор зависит от автора пакета). Поскольку это произвольная форма, вы можете задокументировать вещи в логическом порядке, вы не ограничены алфавитным порядком справочного руководства.
Это также необязательно, и я использую его как показатель качества исследуемого пакета: если у них нет такой виньетки, авторам действительно нет дела до предоставления хорошей документации.