Похоже, это связано с процессом случайных чисел.
Я использовал тот же libSVM, все по умолчанию, с diabetes.arff (поставляется с программным обеспечением).
Прогон 1: нет вероятности, 500 правильных
Прогон 2: то же, 500 правильных
Прогон 3: оценки вероятности, 498 верны
Прогон 4: тот же, 498 правильный (так, с одинаковыми параметрами процесс реплицируется)
Прогон 5: вероятность оценивается, но смена семян с 1 на 55, правильное значение 500
Прогон 6: оценка вероятности, но смена семян с 55 на 666, правильная 498.
Прогон 7: вероятность оценивается, но смена семян с 666 на 1492, правильная 499.
Алгоритм по какой-либо причине требует различного количества случайных чисел или использует их в другом порядке, что приводит к небольшим возмущениям в числе, корректным при запросе вероятностных оценок. Мы получаем тот же эффект, если меняем начальное число случайных чисел (которое сообщает генератору случайных чисел, с чего начать).