У меня такая же проблема после обновления Visual Studio до 16.1.3. Создайте новый проект, запустите его, остановите отладку, затем я прочитал в консоли диспетчера пакетов следующее:
PM> add-migration -v initial
Using project 'TestEf2'.
Using startup project 'TestEf2'.
Build started...
Build succeeded.
C:\Program Files\dotnet\dotnet.exe exec --depsfile G:\testef\TestEf2\TestEf2.deps.json --additionalprobingpath C:\Users\snytko\.nuget\packages --additionalprobingpath "C:\Program Files\dotnet\sdk\NuGetFallbackFolder" "C:\Program Files\dotnet\sdk\NuGetFallbackFolder\microsoft.entityframeworkcore.tools\2.2.0\tools\netcoreapp2.0\any\ef.dll" migrations add initial --json --verbose --no-color --prefix-output --assembly G:\testef\TestEf2\TestEf2.dll --startup-assembly G:\testef\TestEf2\TestEf2.dll --project-dir G:\testef\TestEf2\ --language C# --working-dir G:\testef\TestEf2 --root-namespace TestEf2
The specified deps.json [G:\testef\TestEf2\TestEf2.deps.json] does not exist
PM>
Я подал это в Microsoft, используя их систему обратной связи. Надеюсь, что это работает. Созданный файл находится по другому пути:
G:\testef\TestEf2\bin\Debug\netcoreapp2.2\TestEf2.deps.json
Можно просто скопировать все содержимое каталога bin в путь, по которому EF ищет файл deps каждый раз, когда он необходим для работы с миграциями.