Или он возвращается к нулю, я знаю, что бит SYN установлен в единицу во время формирования соединения, но что происходит с ним после этого?
Бит SYN указывает, что вы хотите синхронизировать порядковые номера. Поскольку это делается только один раз каждой стороной в разговоре, бит сбрасывается в ноль после первых двух пакетов при трехстороннем рукопожатии