С помощью (новой?) Консоли разработчика можно бесплатно добавлять домены в приложения без использования Google Apps. Но вы не сможете использовать HTTPS без регистрации домена в Службах Google.
Таким образом, ответ на первый вопрос - «Да» (предполагается, что TLS не требуется). Второй вопрос не актуален. А что касается третьего вопроса, несколько доменов могут быть связаны с одним приложением (без использования Google Apps).
- Выберите ваш проект в консоли разработчика (https://console.developers.google.com/project)
- Перейдите в боковое меню для доступа к настройкам домена App Engine (App Engine -> Настройки)
- После проверки домена (это может занять некоторое время) вы можете добавить домен в приложение.
В настоящее время я не могу найти благословенную Google документацию, подтверждающую это. Но в настоящее время я обслуживаю приложение App Engine в домене, который не зарегистрирован в Службах Google.