Я как-то не согласен с тем, что WCF легче / чище, чем System.Messaging, который, давайте посмотрим правде в глаза, имеет довольно простой API (в целом) и относительно прост в использовании, если это все, что вас волнует. Тем не менее, у WCF есть некоторые приятные вещи, но это не так просто.
Что касается того, обнаружите ли вы какие-либо проблемы, ну ... это во многом зависит от того, как ваше приложение VB в настоящее время использует MSMQ и какие данные оно отправляет. Вы будете использовать привязку MsmqIntegrationBinding, которая в некоторой степени помогает, но вам, возможно, придется воспользоваться некоторыми приемами для успешной обработки десериализации сообщений, если ваше приложение VB не отправляет сообщения в формате, с которым WCF может справиться из коробки.