На вашем месте я бы сохранил PDF в локальной файловой системе и сохранил только папку / имя файла в CoreData. (Обратите внимание, что вы должны хранить только папку и имя файла относительно каталога Documents (или другой определенной папки), а не полный путь к файлу, потому что папка Documents может фактически измениться (например, с новыми сборками вашего приложения).
Если по какой-то причине вы не хотите идти по этому пути, вы можете заменить атрибут отношением «один к одному» на новую отдельную сущность, которая имеет только один атрибут для данных PDF. По умолчанию отношения не нарушаются, даже если исходный объект неисправен.