Модели Keras не поддерживают вывод различного количества выборок из входных выборок.
Проблема не в уменьшении, а в модели.
У вас есть 6 входных выборок, модель сделает все возможное, чтобы вывести 6 выборок, несмотря ни на что. (Если это не может, это выдаст ошибку).
Чтобы проверить это правильно, вам нужно иметь 1 дополнительное измерение для ввода:
input = Input(batch_shape=(None,None,1))
x1 = np.random.random((1,6,1))
ReduceSum = Lambda(lambda z: K.sum(z, axis=1))
output = ReduceSum(input)
model = Model(input, output)
model.predict(x1)
Теперь вы увидите сокращение.
Если вы используете его в середине модели, все сокращения будут работать правильно, если в окончательном выводе вам удастся восстановить то же количество выборок, что и для ввода.