Пропуск NA и пустых фреймов данных с map_if - PullRequest
Новая
       18

Пропуск NA и пустых фреймов данных с map_if

2 голосов
/ 16 апреля 2019

Я работаю с тибблом, как показано ниже: 

ex <- structure(list(rowid = c(4L, 5L, 6L, 9L, 10L), timestamp = structure(c(1502480694.03336, 
1502480695.44736, 1502480696.03336, 1502480703.99836, 1502480706.19936
), class = c("POSIXct", "POSIXt"), tzone = "UTC"), cat = c(32L, 
1L, 1L, 1L, 1L), var1 = structure(c(NA_integer_, NA_integer_, 
NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_), .Label = "1", class = "factor"), 
    var2 = c(0, 50, 29.7, 51, 70.8), var3 = c(NA, 26.3, 24, 20.5, 
    12), order = c(NA, 1L, 1L, 1L, 1L), bfr = list(NA, structure(list(
        rowid = integer(0), timestamp = structure(numeric(0), class = c("POSIXct", 
        "POSIXt"), tzone = "UTC"), cat = integer(0), var1 = structure(integer(0), .Label = "1", class = "factor"), 
        var2 = numeric(0), var3 = numeric(0), order = integer(0)), class = c("tbl_df", 
    "tbl", "data.frame"), row.names = integer(0)), structure(list(
        rowid = 5L, timestamp = structure(1502480695.44736, class = c("POSIXct", 
        "POSIXt"), tzone = "UTC"), cat = 1L, var1 = structure(NA_integer_, .Label = "1", class = "factor"), 
        var2 = 50, var3 = 26.3, order = 1L), class = c("tbl_df", 
    "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -1L)), structure(list(
        rowid = 5:8, timestamp = structure(c(1502480695.44736, 
        1502480696.03336, 1502480699.03336, 1502480701.03336), class = c("POSIXct", 
        "POSIXt"), tzone = "UTC"), cat = c(1L, 1L, 1L, 1L), var1 = structure(c(NA_integer_, 
        NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_), .Label = "1", class = "factor"), 
        var2 = c(50, 29.7, 52.8, 44), var3 = c(26.3, 24, 8.9, 
        12.4), order = c(1L, 1L, 1L, 1L)), class = c("tbl_df", 
    "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -4L)), structure(list(
        rowid = 5:9, timestamp = structure(c(1502480695.44736, 
        1502480696.03336, 1502480699.03336, 1502480701.03336, 
        1502480703.99836), class = c("POSIXct", "POSIXt"), tzone = "UTC"), 
        cat = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L), var1 = structure(c(NA_integer_, 
        NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_, NA_integer_), .Label = "1", class = "factor"), 
        var2 = c(50, 29.7, 52.8, 44, 51), var3 = c(26.3, 24, 
        8.9, 12.4, 20.5), order = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L)), class = c("tbl_df", 
    "tbl", "data.frame"), row.names = c(NA, -5L)))), row.names = c(4L, 
5L, 6L, 9L, 10L), class = "data.frame")

Я хочу суммировать вложенные столбцы в столбце bfr с map. Чтобы пропустить ненужные вычисления, я хочу перейти с map_if, который пропустил бы строку, когда bfr содержит менее 2 строк с cat == 1. Однако из-за наличия NA s и пустых тибблов в столбце bfr я изо всех сил пытаюсь написать соответствующую функцию предиката. Вот моя попытка: 

more_than <- function(df){
  if (nrow(df) == 0 | is.na(df)) return(FALSE)

  n <- df %>% 
    summarise(sum(cat == 1)) %>% 
    as.numeric()

  return(n > 2)
}

ex %>% 
  mutate(mean_var2 = map_if(bfr, more_than, 
                            ~.x %>% summarise(mean_var2 = mean(var2))))

, что приводит к:

Ошибка возврата if (nrow (df) == 0 | is.na (df)) (FALSE): аргумент имеет нулевую длину

Как я могу справиться с наличием как NA s, так и пустых символов, чтобы написать соответствующую функцию предиката?

Ответы [ 2 ]

2 голосов
/ 16 апреля 2019

Если вы хотите получить столбец mean из var2, проверьте, что элементы list либо data.frame, либо tibble (в данном случае это столбик), а затем выполните команду summarise.

out <-  ex %>% 
           mutate(mean_var2 = map_if(bfr, is.tibble, ~ 
             .x %>% 
                summarise(mean_var2 = mean(var2, na.rm = TRUE))))

Если нам также необходимо проверить sum(cat ==1) > 2

more_than <- function(df){
i1 <- is_tibble(df)
if(i1) {
   n <- df %>% 
    summarise(v1 = sum(cat == 1))  %>%
    pull(v1) 
    }

    i1 && (n > 2)


}
ex %>%
  mutate(mean_var2 = map_if(bfr, more_than, ~
      .x %>%
         summarise(mean_var2 = mean(var2, na.rm = TRUE))))

Причина, по которой is.na не работает, заключается в том, что он проверяет каждый набор данных ив некоторых из них это tibble, и это возвращает логический matrix, в то время как if/else ожидает возврата одного ИСТИНА / ЛОЖЬ.Например, 

(3 == 4) & (cbind(3:5, 1:3) == 3)

дает другой вывод

Один из вариантов - использовать &&, так что он оценивает условие rhs, только если первое условие ИСТИНА и, таким образом, избегает ненужной оценки 

(3 == 4) && (cbind(3:5, 1:3) == 3)
#[1] FALSE

В исходной функции ОП, если мы заменим | на ||, он должен нормально работать 

more_than <- function(df){
  if (nrow(df) == 0 || is.na(df)) return(FALSE)

  n <- df %>% 
    summarise(sum(cat == 1)) %>% 
    as.numeric()

  return(n > 2)
}

Обновить

Если мыхотите вернуть NA для тех случаев, которые не выполнены 

ex %>%
    mutate(mean_var2 = map_dbl(bfr, ~ 
    if(is_tibble(.x) && sum(.x$cat == 1) > 2) mean(.x$var2, na.rm = TRUE) else NA))

Или другой вариант - использовать possibly (аналогично tryCatch) 

posmean <- possibly(function(dat) if(sum(dat$cat == 1) > 2) 
     mean(dat$var2, na.rm  = TRUE) else NA_real_, otherwise = NA_real_)
ex %>% 
     mutate(mean_var2 = map_dbl(bfr, posmean))
1 голос
/ 16 апреля 2019

Во-первых, нам нужно проверить для NA с || «увидеть разницу между | и || здесь », прежде чем проверять nrow . Тогда нам нужно .else, что:

.else Функция, примененная к элементам .x, для которой .p возвращает FALSE.

когда more_than возвращает FLASE 

more_than <- function(df){
 # browser()
  if (all(is.na(df)) || nrow(df) == 0) return(FALSE)

     n <- df %>%
       summarise(sum(cat == 1)) %>%
       as.numeric()

     return(n > 2)
}

ex %>% 
mutate(mean_var2 = map_if(bfr, more_than, 
                          ~.x %>% summarise(mean_var2 = mean(var2,na.rm = TRUE)),
                         .else = ~return(NA))) %>% 
select(mean_var2)

   mean_var2
1        NA
2        NA
3        NA
4    44.125
5      45.5
...