Зависит от того, как ваша программа зависит [sic] от текущего каталога, но я уверен, что вам нужно, чтобы она была в начале функции запуска службы, которая будет OnStart(string[] args)
в вашем классе обслуживания, который наследуется от ServiceBase
.
Службы Windows инициализируются с CD, установленным на то, что указано в настройках службы.