Ваш вопрос немного неясен.
Является ли вопрос "как вы ограничиваете результаты поиска по категориям?"
Возможно, вы хотите установить категорию.Я считаю, что это будет работать
$query->set('cat', 123);
Или вы можете запросить налоговый запрос
$taxquery = array(
'relation'=>'AND',
array(
'taxonomy' => 'custom_cat',
'field' => 'term_id',
'terms' => array(123) ,
)
);
$query->set('tax_query', $taxquery);