Это две части:
1) Диалог неверный. Текущая версия Android Studio рассматривает тестовые зависимости, которые включены в файлы POM, но не влияют на ваше приложение (тестовые зависимости используются только внутри для тестов, тестирующих сами библиотеки). Это частично исправлено в Android Studio 3.5 Beta 1.
2) Ваше приложение не будет компилироваться при добавлении зависимостей навигации, потому что вы используете compileSdkVersion 27
и зависимости android.arch.navigation
, зависит от версии 28.0.0 библиотеки поддержки, которая требует компиляции с API 28.
Если вы исправите свое приложение для использования compileSdkVersion 28
, то вы можете спокойно проигнорировать предупреждение о диалоге и добавить навигацию в свой проект. Конечно, вы можете обновить свою библиотеку поддержки до 28.0.0 до добавления навигации, что обеспечит отсутствие других не связанных с изменением поведения навигации, вызванных обновлением с 27.1.1 до 28.0.0.