Это связано с тем, что и во всплывающей подсказке, и при загрузке используются стили :before
и :after
, поэтому они будут мешать друг другу.
Вы можете исправить это, поместив кнопку в span
<span data-tooltip="tooltip" data-position="right center">
<button class="ui icon loading button">
<i class="settings icon"></i>
</button>
</span>
https://jsfiddle.net/4uzroqjg/