Если вы используете GNU awk , т.е. gawk, с несколькими файлами, у него есть расширение, которое запускается в конце каждого файла, так что вы можете использовать его для вставки "newpage" таких команд:
gawk '1; ENDFILE{print "\\newpage"}' *.md | pandoc --pdf-engine=xelatex -o test.pdf
Значение 1 в gawk оценивается как «True», что заставляет gawk выполнить действие по умолчанию, которое состоит в печати текущей строки, что означаетпечатаются все строки, в дополнение к командам "newpage" в конце каждого файла.
Вероятно, вы получите тот же результат с GNU sed, если добавитеопция -s для обработки каждого документа как отдельного, поэтому вы получаете отдельную «последнюю строку» для каждого документа:
sed -se '$a\\\newpage' doc*.md | pandoc ...