Взгляните на обзор Лоди и др. по двумерным задачам упаковки бинов, в котором есть раздел, посвященный точным алгоритмам. Для очень небольшого числа элементов вы можете решить проблему с помощью моделей целочисленного программирования, для больших размеров вам, вероятно, понадобится специализированный поиск по дереву или алгоритм ветвления и ограничения. В качестве примера можно привести статью Pisinger & Sigurd , в которой используется декомпозиция Данцига-Вольфа, которая использует программирование ограничений для упаковки отдельных корзин и способна решать проблемы с примерно 100 элементами.