Если я извлекаю образ докера с особенностью 2.5.2, он прекрасно работает с exec 3.1.1:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...
Если я затем вытаскиваю тот же образ с 3.1.1 и пытаюсь запустить его, явозникают проблемы при загрузке разделяемых библиотек, это те, которые используются внутри контейнера (не по самой особенности, как в # 3027):
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
На контейнере, извлеченном с 3.1.1, я проверил файлы, обозначенные какпроблема:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x 1 root root 415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x 1 root root 240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r-- 1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r-- 1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root 1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x 2 root root 32 Apr 15 08:08 pkgconfig
Это точное совпадение с той же папкой при извлечении с 2.5.2.
Я ожидаю, что изображение извлечено с 3.1.1 и выполнено с 3.1.1 функционировать лучше, чем та, что вытащена с 2.5.2.
Связано GitHub выпуск