Вы должны изменить:
$("#apply_capping").click(function() {
$("body").children().each(function() {
$(this).html($(this).html().replace(/(?<=\*).*?(?=\))/g,$("#cap").val()));
});
});
на:
$("#apply_capping").click(function() {
$("body").find("textarea#parammed_popunder").val(function() {
return $(this).val().replace(/(?<=\*).*?(?=\))/g,$("#cap").val());
});
});
Проблема в том, что ваш текущий код меняет html
на вашем сайте и тем самым элементы dom, которыепривязаны к событию click больше не существует.
$("#apply_capping").click(function() {
$("body").find("textarea#parammed_popunder").val(function() {
return $(this).val().replace(/(?<=\*).*?(?=\))/g,$("#cap").val());
});
});
<script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/jquery/3.3.1/jquery.min.js"></script>
<div id="popunder-capping" class="panel-collapse collapse" style="background-color:#fff;color:#000">
<ul class="list-group">
<li class="list-group-item">
<label class="cappings">Hour(s):</label> <input type="number" min="1" max="168" class="select-selected" id="cap" name="cap" size="1" maxlength="3">
</li>
</ul>
<button id="apply_capping" type="submit" class="btn btn-primary">
Apply
</button>
</div>
<div class="portlet-body">
<ul class="list-group">
<li class="list-group-item">
<label style="width:100%;">
<i class="fas fa-code fa-fw"></i> Source Code
</label>
<br/>
<textarea id="parammed_popunder" rows="3" width="200" class="form-control">
wait:(3600*24) </textarea>
</li>
</ul>
</div>