Поставщик должен быть объявлен в любом основном файле конфигурации, используемом приложением (не может быть web.config). Кроме того, это может помочь сделать SubSonicService первым элементом в configSections.
<configuration>
<configSections>
<section name="SubSonicService" type="SubSonic.SubSonicSection, SubSonic" allowDefinition="MachineToApplication" restartOnExternalChanges="true" requirePermission="false"/>
</configSections>
<!--Other stuff-->
</configuration>