Вы можете попробовать использовать easy_install из setuptools
python -m easy_install pymongo
или
python -m easy_install -U pymongo
или из источника
git clone git://github.com/mongodb/mongo-python-driver.git pymongo
cd pymongo/
python setup.py install
Редактировать: кажется, что easy_install устарела (для комментария), но он все еще в документе pymongo ...