system() вызывает другой исполняемый файл, предоставленный вашей текущей операционной системой, или команду, которая распознается вашей (терминальной) оболочкой по умолчанию.
Он не имеет ничего общего с вашей IDE.
Как правило, нет портативного способа очистки экрана с помощью c ++.
Ближайший портативный способ, который вы можете получить, это использовать что-то вроде ncurses .