Не очень понимаю вашу проблему. Я запускаю мультисайты из одного и того же веб-приложения, упакованные как одна война.
Моя война организована следующим образом,
myapp/WEB-INF
myapp/common
myapp/site1
myapp/site2
Все классы, TLD являются общими, но 2 сайта имеют совершенно разные бренды, темы и т. Д. Файлы, относящиеся к конкретным сайтам, находятся в своем собственном каталоге. Они делятся множеством статических файлов, таких как JavaScript и изображения. Эти файлы хранятся в общем и на них можно ссылаться, используя относительный URL для каждого сайта, например,
../common/images/cart.jpg
Все это поставляется в виде одной WAR и работает как одно приложение. Сайт доступен по адресу
http://example.com/myapp/site1
У нас также есть интерфейс Apache с mod_rewrite, и сайты также доступны как
http://site1.example.com
http://site2.example.com