Вы можете попробовать это:
UPDATE videos
SET url = REPLACE(url, 'video.net/embed-', 'video.net/')
WHERE url LIKE '%video.net/embed-%';
Надеюсь, это будет достаточно конкретная замена. Если нет, мы могли бы рассмотреть возможность использования регулярных выражений (доступно при использовании MySQL 8+).