Ну, есть встроенный режим оболочки, который делает подсветку синтаксиса, если он еще не включен, M-x shell-script-mode
сделает это за вас.
Относительно инструмента, облегчающего работу со сценариями. Существует отладчик оболочки bash , поэтому, если вы программируете на bash, это очень поможет.
Конечно, есть eshell , оболочка, написанная на lisp Emacs, так что вы можете получить всю подсветку синтаксиса, которую вы ожидаете от lisp, автозаполнения и отладчика lisp emacs.