Похоже, что это может быть проблема с вашей установкой GitHub Desktop. Вы пытались переустановить GitHub Desktop снова? Если нет, я бы порекомендовал удалить следующие два каталога, чтобы вы могли выполнить новую установку:
% AppData% \ GitHubDesktop
% LocalAppData% \ GitHubDesktop
Затем снова установите GitHub Desktop и посмотрите, сможете ли вы успешно выполнить операцию клонирования.