Это зависит.Конда использует жесткие ссылки, когда это возможно.Но если в ваших двух средах используются разные версии Python, например, тогда conda должна установить разные сборки numpy .
В любом случае, при использовании conda вам не нужно беспокоиться о дисковом пространстве при принятии решения.стоит ли создавать новую среду.Если у вас есть два проекта, для которых требуются разные наборы библиотек, создайте разные среды conda для каждого.Анаконда сделает все возможное, чтобы сэкономить место на диске.