Я не уверен, что понимаю ваш вопрос ?! Вы хотите знать, можете ли вы исключить до абсолютного указанного пути к mysql-соединителю?
Если да, то документация ibator поможет. Из документов :
Элемент <classPathEntry>
Этот элемент является необязательным и не требуется, если вы устанавливаете classpath извне в Ibator (например, с аргументом -cp команды java.
Это означает, что вы можете обойтись без добавления mysql-соединителя где-нибудь еще в classpath, например, при запуске скрипта.