Запрос на извлечение примет будущую фиксацию в исходной ветке, вы даже можете получить данные с сервера даже до фиксации или после фиксации.
Автоматическое объединение произойдет, когда вы извлекаете данные после фиксации, поэтому проблем с этим нет.