Вкратце, ваша проблема вызвана конфликтом между установленной вами версией python 2.7 и версией python с Anaconda.
Установленные вами пакеты должны находиться в среде python 2.7.Тем не менее, spyder использует собственную среду Python Anaconda.
Командная строка использует системную среду python, которая определяется предыдущей переменной среды python в пути.