Просто создайте список 3x3 и затем добавьте элементы в список в соответствии с условием
li = [1,2,3,4,5,6,7,8,9]
#Create a 3x3 list
res = [ [] for _ in range(3)]
for idx in range(len(li)):
#Append elements accordingly
index = int(idx%3)
res[index].append(li[idx])
print(res)
Результат будет выглядеть как
[[1, 4, 7],
[2, 5, 8],
[3, 6, 9]]