ILMerge предназначен только для объединения DLL и EXE в одну большую DLL и EXE соответственно. Документация XML создается компилятором C #, и ILMerge не имеет к этому никакого отношения, поскольку имеет дело с двоичным содержимым этих файлов. Если бы вы думали о ILMerge как о слиянии языка инструкций (ILMerge), это все, что он делает, никаких операций с документацией XML. Sandcastle - такой генератор документации, сообщая Sandcastle, что вы хотите создать Html Help или CHM из всех xml комментариев, он сделает это за вас.
Надеюсь, это проясняет понимание ILMerge.