README говорит, что companion ocaml
не является обязательным, поэтому это не должно быть проблемой.
Реальная проблема, насколько я пытался, состоит в том, что Makefile для windows (msvc) не синхронизирован с изменениями jocaml. Так что нужно исследовать различия и обновлять Makefiles вручную. Я думаю, что это вполне возможно с некоторыми усилиями.