Насколько я понимаю, вы пытаетесь удалить все аналогичные элементы из массива A, которые присутствуют в B?
for (var i:uint = 0; i < arrayB.length; i++) {
arrayA.splice(arrayA.indexOf(arrayB[i]), 1);
}
Обратите внимание, что это удаляет только ОДИН из каждого элемента в массиве A. Если у вас есть несколько одинаковых экземпляров в arrayA, которые присутствуют в arrayB, будет удален только один. Для кратных одинаковых экземпляров, используйте это вместо:
for (var i:uint = 0; i < arrayB.length; i++) {
while(arrayA.indexOf(arrayB[i]) >= 0) {
arrayA.splice(arrayA.indexOf(arrayB[i]), 1);
}
}