Если PyQt4 - единственный не родной модуль, который вам нужен, проблем не должно быть.
Проверьте, все ли нужные вам модули доступны для Py3k!
PyQt4 для Py3k еще не интегрирован во все дистрибутивы.
То есть в Debian PyQt4 в настоящее время работает только с Python 2.
Взгляните на 3to2 ! Инструмент для преобразования Py3 в код Py2.
Это просто лучше, чем кодирование в Py2 и использование 2to3.