Команды не выполняются при запуске кода через систему в цикле for

Question

Я впервые создаю цикл for с двумя переменными.У меня есть набор образцов для секвенирования ДНК, которые я хочу пройти.Каждый набор данных имеет два файла, которые должны быть запущены одновременно.

Когда я просто запускаю систему (paste ()) в R без переменных цикла for, она работает просто отлично.Итак, я знаю, что проблема связана с самой петлей.Когда я запускаю скрипт ниже, я не получаю сообщение об ошибке, он запускается, но ничего не происходит.

Я явно что-то напутал.Я просто не знаю, куда идти отсюда.

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=paste(substr(j, start=1, stop=7), sep= "")
    system(paste("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j,"-2 ",h,"-o ",outname, ,sep="")
    )
  }
}

Answer 1

Единственное, что я сразу увидел в представленном вами коде, это несколько пропущенных пробелов, которые могут вызвать наблюдаемое поведение.Вы также можете использовать paste0 вместо paste(...,sep=""), надеюсь, поможет следующее:

for (j in list.files(pattern = "R1_001.trim.paired.fastq.gz")) {
  for (h in list.files(pattern = "R2_001.trim.paired.fastq.gz")) {
    outname=substr(j, start=1, stop=7)
    system(paste0("docker run -v /path/:/path/ -w /path/ combinelab/salmon salmon quant -i /path/CanFam3.1_index -l A -1 ",j," -2 ",h," -o ",outname))
  }
}

РЕДАКТИРОВАТЬ

Получение character(0) в результате вашего *Команда 1011 * вне цикла for предполагает, что вы не сопоставляете файлы в wd с вашим шаблоном.

Если вы уверены, что файлы находятся в правильном wd или вы непосредственно задали wd в команде list.files (list.files(path = ".", pattern = NULL), вы можете попробовать комбинацию из упомянутых Сонни и Парфев приведенных выше комментариях запустите цикл for, заменив system на print, а также удалив спецификацию pattern в команде list.files. Это скажет вам, если вы получаете правильные строки докера (хотяпотенциально также могут быть распечатаны неверные файлы, которые вы можете впоследствии отфильтровать, потенциально обновив шаблон).