Нанесите несколько раздач и раскрасьте их градиентом - PullRequest
0 голосов
/ 21 июня 2019

Я хотел бы сделать график распространения, как в этой публикации: plot

https://www.nature.com/articles/s41598-018-35738-0.pdf

для этого у меня есть таблица, состоящая из 24 столбцовкаждый столбец, представляющий хромосому, и каждый ряд образца. И у меня есть 25-й столбец, состоящий из балла, который я хотел бы использовать в качестве градиента для раскраски распределения.

Я попытался применить код, который нашел здесь: Построение имен столбцов в виде оси X в R

, и поэтому я получил этот график:

enter image description here

Так вотмой код:

my_data <- read.table(my_file, header=TRUE, sep=';')
my_data <- my_data[,2:(ncol(my_data))]
rs      <- as.data.frame(t(my_data))
rs$chr <- rownames(rs)
rs      <- melt(rs, id.vars=c("chr"))
ggplot(rs, aes(x=as.factor(chr), y=value)) + geom_point()

и вот часть моих данных:

Образец; 1; 2; 3; 4; ff_seqff s1; -1.4368687908545408; -0.35632901567869174;-0,8630635469138286; 0,08972089597838186; 0,102953198414832 с2; 1,0899445208946068; -0,7895300680366577; -1,2080358536312499; -1,8869137000565392; 0,031818492253036 * * *

...