Я хотел бы сделать график распространения, как в этой публикации:
https://www.nature.com/articles/s41598-018-35738-0.pdf
для этого у меня есть таблица, состоящая из 24 столбцовкаждый столбец, представляющий хромосому, и каждый ряд образца. И у меня есть 25-й столбец, состоящий из балла, который я хотел бы использовать в качестве градиента для раскраски распределения.
Я попытался применить код, который нашел здесь: Построение имен столбцов в виде оси X в R
, и поэтому я получил этот график:
Так вотмой код:
my_data <- read.table(my_file, header=TRUE, sep=';')
my_data <- my_data[,2:(ncol(my_data))]
rs <- as.data.frame(t(my_data))
rs$chr <- rownames(rs)
rs <- melt(rs, id.vars=c("chr"))
ggplot(rs, aes(x=as.factor(chr), y=value)) + geom_point()
и вот часть моих данных:
Образец; 1; 2; 3; 4; ff_seqff s1; -1.4368687908545408; -0.35632901567869174;-0,8630635469138286; 0,08972089597838186; 0,102953198414832 с2; 1,0899445208946068; -0,7895300680366577; -1,2080358536312499; -1,8869137000565392; 0,031818492253036 * * *