Внутренние узлы дерева Хаффмана (включая корень) не соответствуют никаким символам, поэтому для них не требуется резервировать символы.
Если по техническим причинам внутренние узлы имеют ненужное поле символов, вы можете оставить это неназначенное или ноль для чего-либо другого по вашему выбору, это ни на что не повлияет, потому что это значение никогда не будет использовано.