У меня есть объект GRange с большим количеством диапазонов, некоторые из которых перекрываются. Что я хочу сделать, так это если интервалы находятся в пределах определенного расстояния, скажем, 10 000, а затем объединить эти два интервала.
Я пытался преобразовать его во фрейм данных и IRange и таким образом поиграть с данными, но я не получил никаких положительных результатов и не знаю, как поступить.
chrC[1]
GRangesList object of length 1:
$chr1
GRanges object with 338 ranges and 2 metadata columns:
seqnames ranges strand | name score
<Rle> <IRanges> <Rle> | <character> <numeric>
[1] chr1 2263697-2280639 + | chr1-153498 1
[2] chr1 2651953-2656424 + | chr1-37327 1
[3] chr1 6054865-6102062 + | chr1-144080 1
[4] chr1 6305350-6315334 + | chr1-135452 1
[5] chr1 6316152-6361724 + | chr1-111563 1
... ... ... ... . ... ...
[334] chr1 246213308-246216778 + | chr1-136958 1
[335] chr1 246218115-246221509 + | chr1-127346 1
[336] chr1 246959265-246960153 + | chr1-147672 1
[337] chr1 247387279-247394255 + | chr1-115115 1
[338] chr1 248871488-248874386 + | chr1-93112 1
-------
seqinfo: 24 sequences from an unspecified genome; no seqlengths
это будет объект GRange. Я хотел бы, например, объединить [4] и [5] в один интервал.