Я не верю, что есть волшебное решение для JavaScript / PHP для вашей проблемы, ванильный HTML:
<a href="docco.pdf" title="this is a link to a pdf">download the PDF</a>
будет делать то, что требуется, он будет указывать браузеру запрашивать ресурс "docco.pdf", браузер (и любые плагины) должны что-то делать с этим.
Например, в Firefox есть надстройка " PDF download ", которая предлагает пользователю выбор, что делать с всплывающим окном.