Это не работает, потому что импорт js должен ссылаться на определенный файл либо с относительным, либо с абсолютным путем, предполагая, что структура вашего проекта выглядит примерно так:
/node_modules
/lit-element
/other-library
/src
/components
my-element.js
index.html
С my-element.js
ваш импорт будет
import {LitElement, html} from '../../node_modules/lit-element/lit-element.js'
Однако, поскольку этот вид конфигурации сбивает с толку, и вы, вероятно, когда-нибудь тоже захотите установить скрипт компоновки, рекомендуется сохранить импорт в том виде, в каком он есть сейчас, и использовать сервер разработки, который преобразует ваш импорт в node_modules
как веб-сервер open-wc