Я работаю над проектом с большим количеством UpdatePanel и jQuery, все просто отлично работает.
Да, это период, когда вам нужно учиться, чтобы все заработало.
Если у вас много UpdatePanels, и вы не хотите их удалять, это понятно, и использование jQuery просто улучшает интерфейс, так что не намного хуже.
Кроме того, jQuery имеет функциональные возможности, связанные с AJAX, поэтому вы можете создавать элегантное кодирование на стороне клиента с помощью jQuery, который не связан с дизайном и пользовательским интерфейсом.
Я думаю, что если вы будете искать jQuery и Ajax в Интернете, вы найдете множество хороших примеров и техник для обеих технологий.
PS
Помните, что UpdatePanel является своего рода злом, когда вы используете ненадлежащим образом.
UpdatePanel (и, как правило, AJAX) очень настраиваемый, найдите время для его оптимизации
Удачи!