Не используйте VBA'a Filter, если хотите совпадение 1: 1; Фильтр действует как поиск по шаблону, поэтому положительные результаты будут найдены для 123 в qw123op и df123uy .
Использование функции соответствия на рабочем листе позволяет быстро найти совпадения 1: 1, но без учета регистра.
Sub findMissing()
Dim i As Long, j As Long
Dim data As Variant, absentArray As Variant, missingData As Variant
Dim dict as object, k as variant
Set dict = CreateObject("scripting.dictionary")
dict.CompareMode = vbTextCompare
data = Array("AB", "BC", "CD", "DE", "EF", "FG", "GH")
absentArray = Array("AB", "BC", "DE", "GH")
ReDim missingData(LBound(data) To UBound(data))
j = LBound(data)
For i = LBound(data) To UBound(data)
If IsError(Application.Match(data(i), absentArray, 0)) Then
'method one with array
missingData(j) = data(i)
j = j + 1
'method two with dictionary
dict.Item(data(i)) = vbNullString
End If
Next i
ReDim Preserve missingData(j - 1)
For i = LBound(missingData) To UBound(missingData)
Debug.Print missingData(i)
Next i
For Each k in dict.Keys
Debug.Print k
Next k
End Sub