Ошибка сегментации: Сериализация структуры и передача данных MPI в C ++ - PullRequest
Новая
       34

Ошибка сегментации: Сериализация структуры и передача данных MPI в C ++

1 голос
/ 08 июня 2019

Я пытаюсь отправить сериализованную структуру из одного ранга в другой.Это приводит к

Ошибка сегментации: 11

, и я понятия не имею, откуда это происходит.

Я попытался определить причину проблемы, распечатав некоторые значения, и код всегда разрывался между MPI_Send и MPI_Recv, но, поскольку это ошибка сегментации, нельзя быть уверенным, что она является источником проблемы.,Пожалуйста, просветите меня. 

int N = 11;
struct tests{
    int number;
    double *fx;
};

void locateMemoryTests(struct tests *t){
    t->fx = (double*) malloc(N*sizeof(double));
}

void he(struct tests *t, int N){
    int NRank, MyRank;
    MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &MyRank );
    MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &NRank );
    int st = MyRank * int(N/2);
    int en = (MyRank+1) * int(N/2) + (N%2)*MyRank;

    for (int i=st; i<en; i++){
        t->fx[i] = i*i + 5*(i + t->number);
    }
    const int nitems        = 2;
    int blocklengths[2]     = {1, N};
    MPI_Datatype types[2]   = {MPI_INT, MPI_DOUBLE};
    MPI_Datatype mpi_tests_type;
    MPI_Aint offsets[2];

    offsets[0] = offsetof(tests, number);
    offsets[1] = offsetof(tests, fx);

    MPI_Type_create_struct(nitems, blocklengths, offsets, types, &mpi_tests_type);
    MPI_Type_commit(&mpi_tests_type);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &MyRank);

    if (MyRank == 0){
        struct tests send;
        send.number = t->number;
        locateMemoryTests(&send);

        for (int i=0; i<N; i++){
            send.fx[i] = t->fx[i];
        }   

        MPI_Send(&send, 2, mpi_tests_type, 1, 111, MPI_COMM_WORLD);
        }
    else if (MyRank == 1){
        MPI_Status status;
        struct tests recv;
        locateMemoryTests(&recv);
        MPI_Recv(&recv, 2, mpi_tests_type, 0, 111, MPI_COMM_WORLD, &status);

    MPI_Type_free(&mpi_tests_type);
}


int main( int argc, char *argv[] ){
    int NRank, MyRank;
    MPI_Init( &argc, &argv );
    MPI_Comm_rank( MPI_COMM_WORLD, &MyRank );
    MPI_Comm_size( MPI_COMM_WORLD, &NRank );

    struct tests tt;
    tt.number = 5;
    locateMemoryTests(&tt);

    he(&tt,N);

    MPI_Finalize();
    return 0;
}

1 Ответ

1 голос
/ 10 июня 2019

Ваш тип данных, полученный из MPI, описывает следующее: C struct

struct tests{
    int number;
    double fx[N];
};

но вы используете другой 

struct tests{
    int number;
    double *fx;
};

если N не является константой, вы можете объявить 

struct tests{
    int number;
    double fx[];
};

и вы должны правильно распределить такие struct.

Другой вариант - сохранить то же определение struct и вручную MPI_Pack() и MPI_Unpack() данные в / из временного буфера.

...