произошло изменение в формате ELF.Старые флаги для контроля это беспорядок.Лучшее, что вы можете сделать, это настроить git, чтобы он не связывался с ним, добавив * -text к gitattributes.Установите для файлов исходный формат EOL (исправьте, если он уже зафиксирован), и тогда все должно вернуться в нормальное состояние.