Вы, кажется, перепутали pip с локальным менеджером пакетов?
!apt-get install tree
делает то, что вы хотите:
.
└── sample_data
├── anscombe.json
├── california_housing_test.csv
├── california_housing_train.csv
├── mnist_test.csv
├── mnist_train_small.csv
└── README.md
1 directory, 6 files